La chiesa fu realizzata per volontà del patrizio genovese Bandinello Sauli, che con la sua disposizione testamentaria del 17 ottobre 1481 creava un apposito fondo presso il banco di S. Giorgio. Fu però soltanto quasi settant'anni dopo, il 7 settembre 1549, che gli eredi di Bendinello Sauli mediante una convenzione affidarono l'incarico all'architetto  perugino  Galeazzo Alessi, che si trovava a Genova da un anno. Alessi, trasferitosi a Milano nel 1556, mantenne la direzione del progetto e dei lavori, avvalendosi della collaborazione di noti architetti locali tra i quali Bernardino Cantone, Angelo Doggio, Bernardo Spazi, Domenico e Giacomo Ponzello, con i quali intrattenne una fitta corrispondenza, oggi conservata nell'archivio storico della basilica.

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L'intervento di restauro ha interessato le facciate esterne della basilica e va sottolineato come l'utilizzo di tecniche innovative quali il sistema di pulitura Laser e il sistema di pulitura Ibix hanno permesso d'intervenire sull'opera nel pieno rispetto delle patine originali.